1 -  Birudā

Создана альянсом стран шиноби. База организации - Куса
Заведует архивами, оружием, сохранностью порядка в деревнях, входящих в состав альянса, защитой биджу и их носителей.
Работает тайно. За разглашение информации – немедленное убийство. Членами организации являются представители деревень альянса.
Выполняет миссии, назначаемые руководством, рассчитанные на добычу или передачу важных свитков или оружия. Второстепенной задачей является поиск нукенинов из организации 3.
Вступить в организацию может шиноби любой деревни альянса, соответствующий показателям:
Возраст – от 18 лет
Ранг – от чунина и выше
Принадлежность – деревни альянса
Родство – кланы, в составе которых не менее 3х человек

Лидер – Ligato-kun
Помощник –
Члены организации –

2 – Ākaibu

Создана альянсом стран шиноби. База организации - Аме
Заведует частными и общественными зданиями и постройками. Организует восстановление или снос помещений. Властвует как над управленческими объектами, так и над мирными. Следит за ходом строительства, не допускает посторонних.
Получает заказы на территории всех стран, включая страны, не входящие в альянс.
Миссии выполняет качественно и быстро. В большинстве своем, члены группировки хладнокровны, но верят в светлое будущее. Действуют тайно. За разглашение информации – немедленное убийство.
Второстепенной задачей является отлов нукенинов из организации 3 и изымание у них имущества с целью последующей передачи властям.
Вступить в организацию может не каждый. Допуск производится при специальной комиссии. Вступающему необходимо отвечать стандартам:
Возраст – от 18
Ранг – джонин
Принадлежность – только Коноха, Кири, и Суна
Клан – только основатели (старые кланы, известные из исторических хроник)

Лидер – Uzumaki Rin
Помощник – Uchiha Izuna
Члены организации – Norio Hoshigaki

3 – Kyōfu
Создатель неизвестен. База организации - Ото
Является самой крупной организацией, среди всех существующих. Находится в конфликте с организациями 1 и 2, а также с альянсом. Целью организации является искоренение всех членов альянса, а также устранение помех на пути к цели. Работают на перехват, тем самым разрушая дело рук «светлых» организаций. Пожинает чужие плоды. Действует независимо от кого-либо. Каждый член – нукенин. Действует открыто. Наводит страх на всех, на кого только можно.
Немедленно убивает мешающих и предателей. В запасе имеет огромное количество свитков и оружия, тем самым, повышая уровень знаний и умений собственных членов.
Вступить может любой нукенин, способный победить или нанести урон одному из первых членов организации. Возраст – от 18. Ранг – от чунина

Лидер –
Помощник – Akioshi
Члены организации – Takeshi, Toririn Jay